侵犯商业秘密罪是结果犯，侵权行为给权利人造成重大损失是犯罪的构成要件。这种损失因商业秘密的种类、经济利用价值大小、新颖程度、使用状况、利用周期、市场竞争程度、市场前景、侵权时间长短、侵权方式的不同而有所区别。对于如何认定重大损失，刑法和有关办理侵犯知识产权刑事案件的两部司法解释均没有做出规定，实践中一般参照反不正当竞争法的有关规定来计算。
第一，公安部在《关于在办理侵犯商业秘密犯罪案件中如何确定“给商业秘密权利人造成重大损失”计算方法的答复》中明确以下原则：“对难以计算侵犯商业秘密给权利人所造成的损失的，司法实践一般可参照《中华人民共和国反不正当竞争法》规定的民事赔偿额的计算方法。”
第二，反不正当竞争法第二十条规定：“经营者违反本法规定，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润；并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。”
由于该条规定针对的是包括虚假广告、损害商誉、侵犯商业秘密、串通投标等在内的所有不正当竞争行为，原则性较强，
第三，最高人民法院在《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》中专门就商业秘密侵权行为的损失认定作了有针对性的规定。该解释第十七条规定：“确定反不正当竞争法第十条规定的侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行；……因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定。”
第四，而专利法第六十五条规定：“侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。”
该规定确立了专利侵权赔偿的四种方式，即权利人实际损失、侵权人获利、专利许可使用费的合理倍数以及法院酌定赔偿。
第五，关于权利人损失和侵权人获利如何计算的问题，最高人民法院在《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》中又作了进一步明确。
该司法解释第二十条规定：“人民法院依照专利法第五十七条第一款的规定追究侵权人的赔偿责任时，可以根据权利人的请求，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额。权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。”
根据上述法律规范，可见，在侵犯商业秘密犯罪案件中，重大损失的计算主要存在四种方式，即
（1）权利人的实际损失、
（2）侵权人的获利、
（3）商业秘密许可费的倍数
（4）商业秘密的商业价值。
之所以不能将人民法院酌定赔偿方式作为商业秘密刑事案件重大损失的计算方法，主要是因为刑事诉讼与民事诉讼证据标准不同。刑事诉讼实行确实、充分的证据标准，而民事诉讼实行高度盖然性的证据标准，在商业秘密刑事案件中，“重大损失”是决定被告人行为罪与非罪的重要依据，重大损失的数额必须有确实、充分的证据予以证明，而不允许法官具有自由裁量的空间。
关于权利人损失的计算是否包括间接损失的问题：
《追诉标准（二）》第73条第1项规定的“损失数额”是否包含间接损失尚未明确。需要注意的是，一般刑事案件中的“重大损失”仅限于直接经济损失，而不包括间接经济损失，但是侵犯商业秘密犯罪中“重大损失”的认定存在例外，不应以直接损失为限。
这里的“损失数额”，不仅包括被害人获利的实际减少，也包括被害人应当得到而未得到的预期利益。具体包括行为人侵犯他人商业秘密的行为给商业秘密权利人造成的产品销量的减少、利润的下降，还包括因侵权造成商业秘密在生产、经营、转让等增殖过程中预期利益以及商誉等无形资产损失。二是以商业秘密本身的价值认定。由于被害人依然能够使用其商业秘密，故商业秘密本身的价值原则不能作为被害人的损失数额，但是如果侵犯商业秘密的行为导致被害人丧失了商业秘密或是不可能再利用该商业秘密的，可以将该商业秘密本身的价值作为损失数额。三是特殊情形的兜底认定。
商业秘密权利人的损失数额和侵权人所获得的实际利润均难以查实的情形也较为常见，这就需要根据案件具体情况，结合法律及司法解释精神作出合理的认定，重点考虑以下因素：其一，取得商业秘密的成本，如开发、研制商业秘密的成本，保护商业秘密的合理支出费用等；其二，侵权人使用商业秘密之前的获利状况与使用之后的获利大小比较；其三，商业秘密新颖性的程度、商业秘密的生命周期及其所处阶段、市场竞争状况和市场前景等因素，以确定合理预期的未来收益
【案例】
1、项军、孙晓斌侵犯商业秘密案（《刑事审判参考》指导案例第233号）
裁判摘要：源代码是用源语言编制的计算机程序，一旦被公开，软件的核心技术即泄露，因此，源代码作为一种技术信息，当属商业秘密范畴。被告人违反合同约定义务，向他人提供权利人软件源代码，属于侵犯商业秘密的行为；明知被告人以不正当手段获取权利人的商业秘密仍加以使用，以侵犯商业秘密论。以权利人已经销出的涉案软件的销售价格来认定被告人的侵权行为给商业秘密权利人所造成的损失数额，是一种合理、合法的计算办法。
上海法院审理的项军、孙晓斌非法披露软件源代码案，权利人开发计算机软件后仅出售一份后即被项军和孙晓斌以不正当手段非法披露，难以确定权利人的商业秘密被非法披露后已经遭受和必然遭受的损失，而项军和孙晓斌非法披露目的不是为了获取直接的利润，在此情况下，一、二审法院以权利人已经销出的软件销售价格认定二被告人的侵权行为给商业秘密权利人所造成的损失数额，既能反映出二被告人非法披露商业秘密使他人少支付的费用，又能反映出权利人因此而遭受的最低物质损失，这种认定方法不仅对二被告人较为有利，且与法律规定并不相悖，不失为一种合理、合法的解决办法
2、深圳市中级人民法院审理的深圳市大疆创新科技有限公司诉员工李某侵犯商业秘密罪 （2018）粤0305刑初1750号
该案中，大疆公司所依据的损失计算包括两方面，一是研发人员人工成本费用；二是补救人员人工成本费用。经评估，被告人侵犯商业秘密的犯罪行为，给大疆公司造成了116.4万元的损失。
在该案中，被告人尚未利用大疆公司的商业秘密获取任何利益，但是由于其纯粹的披露行为，给大疆公司造成的损失是巨大的。
3、（2018）粤0607刑初7号
佛山市三水区人民法院
案情：2015年6月至11月期间，被告人潘国鹏利用在被害单位某某公司担任技术员，负责产品研发的职务便利，违反某某公司有关保守商业秘密的要求，将其掌握的商业秘密，即双组份石材环氧饰面胶（型号：F204F205F207）产品配方、石材养护防水剂（型号：BT9000）产品配方、双组份环氧复合胶（型号：F102D）产品配方、双组份环氧啫喱胶（玉石胶）（型号：F501）产品配方、石材水性背网粘合剂（型号：T801）产品配方，通过QQ聊天工具及电子邮件方式，泄露给某某公司的商业竞争对手唐某，并非法获利人民币3万元。经查，被告人潘国鹏侵犯商业秘密的行为给某某公司造成重大经济损失，共计人民币650328.07元。案发后，某某公司对被告人潘国鹏的行为予以谅解。
法院认为：公诉机关所提被告人潘国鹏侵犯商业秘密的行为给某某公司造成重大经济损失为人民币1349000.08元的指控，经审查，上述指控数额不仅包含研发人员工资、研发设备购置、研发物件支出、房租等费用合计501228.07元，也包含因研发产品质量问题导致的赔偿及损失638672.01元，还包含公证费、鉴定费、微谱分析费等129100元和律师代理费8万元等费用，依照有利于被告人的认定事实原则和根据相关司法解释的有关规定，本院核定本案重大经济损失的数额由研发人员工资、研发设备购置、研发物件支出、房租和公证费、鉴定费、微谱分析费以及与本案直接关联的律师代理费2万元等组成，合计人民币650328.07元。公诉机关指控的数额过高部分，本院不予采纳。
4、（2018）粤0306刑初229号
深圳市宝安区人民法院
案情：Bootloader软件是被害单位深圳市航盛电子股份有限公司（以下简称为“航盛公司”）针对新能源汽车电池管理系统（BMS）产品主控板、一体机设计的升级引导程序。被告人王勇于2009年5月入职航盛公司工作，系该公司软件部负责人。2015年9月份，被告人王勇从航盛公司辞职，2015年10月，被告人王勇和熊某、张某等人商量成立新公司，以生产销售与航盛公司BMS电池管理系统同类的产品为主营业务，并于2015年10月14日在深圳注册成立深圳市国新动力科技有限公司（以下简称为“国新动力公司”），王勇为法定代表人、总经理、股东，熊某为技术总监、股东，张某为制造部负责人、股东。2016年3月份、4月份，余某、孟某陆续从航盛公司离职，后进入国新动力公司工作。被告王勇明知违反航盛公司有关保守商业秘密要求的情况下，将持有的含有航盛公司Bootloader软件源代码的汽车电池管理系统（BMS）技术文件拷贝后修改、使用，并披露给国新动力公司的技术人员使用。2016年9月29日，航盛公司发现国新动力公司侵犯该公司的商业秘密，遂到深圳市公安局报案。2017年1月10日，深圳市公安局到国新动力公司进行搜查，缴获笔记本硬盘4个、移动硬盘2个，BMS系统一体机2台，并从中检出航盛公司的引导程序源代码。经鉴定：BMS软件技术的Bootloader程序5个技术点中的7个源代码文件于2016年4月28日之前是不为公众所知悉的，经资产评估，该部分源代码商业秘密的评估值为61.7万元人民币。被告人万勇于2017年4月26日到深圳市经济犯罪侦查局投案。案发后王勇的家属已赔偿了航盛公司，并取得了该公司的谅解。公诉机关认为被告人王勇的行为构成了侵犯商业秘密罪，诉请判处。
法院认为：鉴定机构深圳市中衡信资产评估有限公司回复称：“该评估系对研发投入的成本进行的统计计算，根据企业研发费用支出划分，开发成本主要包括研发人员工资薪酬、研发人员分摊的房租水电及物业管理费用、研发材料费用、固定资产折旧费用、委托外部研究开发费用，其他费用等。本次评估中，委托人（被侵权人深圳市航盛电子股份有限公司）仅提供了研发人员在研发参与期间的工资薪酬（含工资，社保和住房公积金），鉴定报告系对“FlshBootloader软件”开发期间的开发成本（工资薪酬）进行的统计。并再次确认该商业秘密在2016年4月28日之前不为公众所知悉”。后辩护人提交书面意见，对相关鉴定予以确认。
涉案商业秘密的价值评估系鉴定机构对被害单位研发投入的成本进行的统计计算，且仅仅是被害单位开发人员薪资投入的统计，是开发投入的一部分。该鉴定程序合法未违反法律规定，本院予以采信。
5、（2015）浙绍刑终字第874、875号
浙江绍兴市中级人民法院
案情：新东公司设立于1998年12月25日，股东为新昌县合成化工厂（60%）、浙江东方集团股份有限公司（40%）；1999年6月30日新东公司的股东变更为新和成公司、浙江东方集团股份有限公司，注册资本由原1000万元增资为6000万元，其中新和成公司应增资3000万元，其中2000吨/年芳樟醇技术资产经新昌资产评估公司评估以无形资产800万元（1999年6月20日经新昌资产评估公司出具资产评估报告书）投入新东公司；2004年9月28日，浙江东方集团股份有限公司将新东公司40%的股权转让，新和成公司受让35%，浙江新和成进出口有限公司受让5%。后新和成公司对子公司新东公司实际一直实行车间管理，其人事管理、对外技术合同的签订等均由新和成公司实际控制。2007年8月，由新和成公司（90%）、浙江新和成进出口有限公司（10%）共同出资成立子公司山东新和成公司。
被告人俞科于1997年进新昌县合成化工厂工作后，先后任新和成公司烯醇车间一工段工段长、204车间主任、上虞分公司509车间主任、新东公司烯醇车间主任、山东新和成公司606车间主任。
新和成公司制定保密制度，将公司的工程技术、产品技术、实验技术、供应与销售资料等列为公司绝密资料，要求公司（含下属分、子公司）员工在工作期间及离职后必须保守秘密，并采取了对员工培训、在内网上公布、要求签订保密协议等保密措施。
2008年，福抗公司决定启动维生素E生产项目，指派时任公司生产副总监的被告人蔡某收集维生素E生产相关技术资料，后蔡某通过被告人金某联系被告人李某，又通过李某联系时任新和成公司下属子公司新东公司烯醇车间主任的俞科。俞科表示愿意出卖技术。蔡某向福抗公司汇报，公司遂指派时任副总经理的被告人吴某甲负责商务谈判。
同年3月，被告人吴某甲、蔡某至新昌与俞科、李某、金某见面，初步了解维生素E生产技术，吴某甲还指派蔡某到新和成公司验证俞科身份的真实性。同年5月至8月，被告人吴某甲、蔡某先后到新昌县、嵊州市与俞科等人碰面，签订技术转让合同，谈妥以人民币80万元的价格购买维生素E整套技术材料。之后俞科将其工作中掌握的维生素E中间体橙花叔醇的生产工艺流程图、工艺规程等技术材料去除“新和成公司”等字样，交付给蔡某、吴某甲，后吴某甲将上述技术资料交给时任福抗公司总工程师的被告人陈某甲进行实验验证。同时，吴某甲、蔡某通过银行转账、现金支付的方式分三次付给俞科共计人民币40万元，李某、金某各人民币10万元。经鉴定，新和成公司的制备橙花叔醇的工艺规程记载的技术信息系不为公众所知悉的技术信息。经评估，新和成公司MHA到橙花叔醇的生产工序商业技术秘密的研发成本价值为人民币11919.61万元；许可使用费损失价值为人民币13104.70万元；弥补保密措施漏洞、增加保密技术新投入金额为人民币89.88万元。
法院认为：关于本案犯罪行为是否造成损失的问题。本院认为，侵犯商业秘密罪所侵犯客体不仅仅是权利人的经济利益，也包括了由商业秘密而形成的竞争优势以及国家所保护的产业竞争力。故侵犯商业秘密犯罪行为造成的损失范围包括权利人的竞争优势以及这种优势所带来的经济利益。所谓对竞争优势的损害在经济上体现三个部分：开发成本、现实的优势和未来的优势。虽然本案海欣公司生产的维生素E尚未规模销售，海欣公司尚未获得现实的利益，但其侵犯商业秘密的犯罪行为已经削弱了权利人的竞争优势，降低了权利人未来利润的预期。福抗、海欣公司以俞科提出海欣公司生产的维生素E尚未规模销售，未对新和成公司造成损失的上诉意见不能成立。
6、（2013）深中法知刑终字第35号
广东省深圳市中级人民法院
案情：被告人黄某于2006年3月入职忆正存储技术（深圳）有限公司（以下简称忆正公司），担任副总经理，主管技术研发工作，2009年6月离职；被告人王某于2006年10月入职忆正公司，担任副总经理，主管公司管理工作，2007年10月离职；被告人颜某于2006年3月入职忆正公司，担任工程师，2008年4月离职；被告人柳某于2006年3月入职忆正公司，担任工程师，2008年4月离职；被告人吴某于2006年3月入职忆正公司，担任工程师，2008年4月离职；被告人邢某某于2006年3月入职忆正公司，担任工程师，2008年4月离职。在忆正公司与被告人王某、颜某、柳某、吴某、邢某某的劳动合同中均有保密协议条款；被告人黄某在庭审中亦表示清楚忆正公司固态硬盘的源代码仅限于“工作需要”和“研发人员”。
2008年4月，六被告人在武汉成立武汉固捷数据科技有限公司（以下简称固捷公司），黄某和王某出资并占股份51％，另四被告人以技术入股35％。固捷公司成立后，黄某继续留在忆正公司，另五被告人陆续离开忆正公司。在固捷公司中，被告人黄某负责架构设计并通过电子邮件等方式对研发工作进行指导，被告人王某负责运营及行政管理，被告人颜某负责固态硬盘产品源代码的编写，被告人柳某负责测试工具，被告人吴某和邢某某负责控制器部分。上述六被告人的分工与其在忆正公司时的分工基本一致。
被告人黄某和王某供称，固捷公司的成立是六被告人共同协商的；另四名被告人均供称，是被告人黄某召集他们到固捷公司的，被告人王某在武汉负责固捷公司的办公地点。
被告人颜某供称，在其到固捷公司前的2008年4月，被告人黄某将存储忆正公司固态硬盘产品源代码的笔记本电脑交给被告人颜某，被告人颜某在此基础上研发出固捷公司固态硬盘产品源代码。
被告人颜某、柳某、吴某、邢某某均供称，被告人王某知道上述四名被告人是固捷公司的技术研发人员并掌握了忆正公司的源代码；被告人王某在2012年3月21日的笔录中，明确表示“邢某某他们负责研发的四个人应该是把在忆正研发的源代码修改了，按照我们的要求修改以后，生产出我们的产品”。
2008年9月，固捷公司生产的固态硬盘开始在市场上销售。
2009年1月，固捷公司由于经营困难要求忆正公司对其进行收购并与忆正公司进行了商业谈判，后谈判未果。期间，颜某、柳某、吴某和邢某某返回忆正公司继续从事研发工作。
2011年5月17日，深圳市公安局委托国科鉴定中心对忆正公司的固态硬盘产品源代码与固捷公司固态硬盘产品源代码进行同一性对比认定固捷公司固态硬盘源代码与忆正公司固态硬盘源代码相应函数实质相同并且属于不为公众所知悉的技术信息共有ListManage函数等29个。在该鉴定报告（国科知鉴字（2011）2号）中，固捷公司固态硬盘产品（32G）系由忆正公司提供给深圳市公安局，该产品上有“SOLIWARE”的标识，“SOLIWARE”系固捷公司的标记；存储忆正公司固态硬盘产品的源代码的光盘中有“忆正\uCOS－II_20091009\uCOS－II_20091009\SSDsrc目录下文件”字样；固捷公司固态硬盘的源代码由被告人邢某某提供，该源代码所编译出的二进制码与固捷公司固态硬盘产品所导出的二进制码并未完全对应，在固捷公司固态硬盘源代码中的17个文件中，有10个文件存在对应关系，固捷公司固态硬盘源代码与忆正公司固态硬盘源代码相应函数实质相同并且属于不为公众所知悉的技术信息共有29个函数均属于该10个文件，另有4个文件系因为“变量／宏的定义，不包括函数实现语句”，余下3个文件系“由于源代码的定义和设置关系，这些函数并没有进行编译使用”。
法院认为：关于本案资产评估报告书能否作为计算权利人损失的证据的问题。
本院认为，商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
研发商业秘密包含了权利人的开发费用、薪酬费用、开发利润等支出，如果商业秘密一旦被他人公开、披露、使用，权利人在开发商业秘密过程中的上述支出势必受到损失。
因此，研发商业秘密的成本流失就是权利人受到的损失。
本案中，忆正公司商业秘密被六上诉人非法披露、使用，忆正公司在开发、保守上述商业秘密中的成本支出遭受了损失，其研发涉案固态硬盘产品的成本支出由有资质的评估机构评估，经侦查机关、公诉机关查证并在一审庭审中由被告人质证，一审法院对该证据进行了核查并依法剔除其中不合理的部分研发成本。
因此，原审以经质证的忆正公司涉案产品研发成本作为该司遭受技术秘密被侵犯的损失，符合法律的规定，本院予以确认。
固捷公司的审计报告仅能证明其侵占了忆正公司的市场份额，对忆正公司的经济损失仅具有参考作用。故，上诉人吴某关于本案评估报告及被害单位损失认定有误的辩护意见，缺乏事实和法律依据，本院不予采纳。
