确定商业秘密的核心工作就是形成商业秘密清单，形成商业秘密清单可以通过以下三个步骤实施：
（一）信息初步筛选
企业技术信息，如研发策略、技术方案、工程设计、电路设计、制造方法、配方、工艺流程、算法、技术指标、计算机软件源程序、计算机软件源代码、数据库、研究开发记录、技术报告、测试报告、检测报告、实验数据、试验结果、图纸、样品、样机、模型、模具、操作手册、技术文档等，企业经营信息也有如市场分析报告、客户名单、分销网络、销售价格、行销计划、广告策划、竞争策略、采购信息，采购渠道、进货价格、供应商名单、管理信息、财务信息、人力资源信息、货源情报、产销策略、招投标中的标底及标书等，上述信息纷繁复杂，散落在企业生产经营的各个环节。
确定商业秘密的第一步就是需要对上述信息进行筛选识别，从中选取不为公众所知悉的特定信息作为商业秘密保护的客体。如企业某产品的某个部件设计方案的电子版图纸（以下用“X”代称），可以明确作为商业秘密进行保护。其中有一点需要强调的是，根据谁产生谁负责的原则，筛选识别商业秘密信息由商业秘密产生的部门（主责部门）负责。如前述的X，由研发部产生，那么该信息应该由研发部来筛选识别，研发部即为该商业秘密的主责部门。
各部门结合信息及信息载体情况，经过初次筛选识别后，可以形成部门商业秘密清单初稿或者整合为公司商业秘密清单初稿。
（二）信息二次筛选
商业秘密清单初稿形成后，企业还需要重点考虑上述信息的秘密性及价值性，即该信息对于所属领域相关人员而言是否普遍知悉或容易获得，并结合该信息反向工程的难易程度及价值，选择对该信息作为商业秘密或申请专利进行保护。根据选择结果，形成商业秘密清单二稿。
（三）确定商业秘密清单的其他保密事项
商业秘密清单二稿形成后，可以从划分密级、确定保密期限、确定接触范围、确定流转要求、存证等五个方面对商业秘密清单进行完善。
1、划分密级
企业可以把泄漏信息可能导致企业遭受的损失作为划分密级的依据，如泄漏信息可能会导致企业主营业务、核心利益遭受毁灭性的损害，可以划定为核心商业秘密；如泄漏信息可能会导致某项业务遭受严重损害，但是不会影响其他业务，可以划定为重要商业秘密；如泄漏信息可能会导致企业遭受一定损失，但损失相对较小，可以划定为普通商业秘密。划分的基准需要根据企业实际情况进行确定，以上仅为一种示例。
2、确定保密期限
企业可以根据商业秘密的密级并结合商业秘密的生命周期、潜在价值等确定商业秘密的保护期限，建议以预测的时限来确定，最好精确到日。比如，X的保密期限截止到2030年6月1日。
3、确定接触范围
主责部门可以根据商业秘密的内容、密级及流转需要来确定商业秘密的接触范围，确定接触范围的原则为最小接触原则，即仅让必须需要知道的人知道。
4、确定流转要求
企业应根据商业秘密的内容、密级来确定流转要求，如流转的形式、途径或渠道，对流转过程也需要管控，严格按照商业秘密接触范围限制接触人员，并且对整个流传过程形成记录。如电子文件的流转需要通过有后台查询记录的邮箱、办公软件进行，纸质文档需要签收等。
5、存证
为了可以明确商业秘密形成的时间，对于商业秘密信息及对应的载体可以采取适当的措施进行存证。如时间戳、第三方存证平台等。如果不具备存证条件，还应妥善保管商业秘密原始载体。
经过上述信息确定及处理后，最终形成商业秘密清单终稿。如下：
商业秘密清单
序号
主题
内容
密级
保密期限
主责部门
载体/保管方式
接触范围
流转要求
存证方式
上述清单形成后，还需要根据企业的发展及实际经营需要及时进行更新与解密。
